Если речь о Portable-софте, то это делается, например, с помощью VMWare ThinApp. Берем чистую систему. Делаем точку отсчета. Устанавливаем программу, делаем все настройки, кряки и т.п. Создаем конечную точку. Создаем портативную версию. Все. Программа будет работать в отдельной виртуальной среде, не затрагивая ОС на которой будет использоваться.
