В PatchWise это зависит всего от 2 настроек.
1. Скопируй в отдельную папку (сохраняя структуру) только те файлы, которые изменялись (или удали на диске D те что остались неизменными)
2. В настройках в "Папка приложения" укажи путь к этой папке (папка с измененными файлами) и обязательно установи галочку "Прикрепить файлы, имеющиеся только в измененной папке". Папка с оригинальными, соответственно - Program Files\Папка с программой (они обязательно должны быть такими как после установки).
3. На вкладке дополнительно "Скорость генерирования патча". Чем ниже, тем меньше (сначала попробуй на настройках по умолчанию).
P.S. Я всегда свои делал на минимуме без турбоскорости (занимало, правда, не один десяток минут даже для небольшого файла, зато размер был килобайт 56).