Не знаю как ты сохранял в Ресурс Хакере, но на всякий случай напишу. Редактируешь ресурсы, после изменения каждого раздела в дереве ресурсов нажимаешь на кнопку "Компилировать" (в разных версиях перевод этой кнопки по разному, может быть и "Обработать"). После всех проделанных изменений в ресурсах нажимаешь в меню "Файл" пункт "Сохранить" и все... Измененный файл у тебя сохраниться с тем же именем, а оригинальный с приставкой "_original". Или можешь сохранять через пункт "Сохранить как", но в "Типе файлов" должно быть обязательно указано какой файл ты хочешь сохранить (exe, res или другие).
А по поводу строчек, которых нет в ресурсах... Да, они могут быть в файле "DAT", попробуй его открыть "Блокнотом", если не получится, то не знаю, так не разобраться без файла. А еще эти строки могут быть зашиты в теле программы и для этого тогда нужна программа OgreGUI. С помощью нее сможешь перевести все зашитые строки в программе, но смотри, что переводишь, а то можешь перевести не то что нужно и прога станет неработоспособной.