В справке программы написано (перевод):
Merge Background Transparency (Объединить цвет фона с прозрачностью) - Screenshot Captor позволяет сохранить информацию о прозрачности внутри PNG-файлов. Эффект прозрачности используется, например, для отображения тени объекта. Но, к примеру, браузер Internet Explorer 6 и ниже не поддерживает прозрачность в изображениях, и они будут показаны им некорректно. Эта команда служит для объединения цвета прозрачности с текущим цветом фона холста.
Flatten All Objects to Background (Объединить все объекты) - Обычно Screenshot Captor отслеживает все объекты так, чтобы их можно было перемещать в пределах рабочей области, а также изменять их размер произвольным образом. Но при работе с большим количеством объектов операции перемещения, загрузки и сохранения могут привести к заметному подтормаживанию программы, а в некоторых случаях невозможно будет применить эффект размытия для конкретного объекта. Эта команда выполняет объединение всех объектов в одно фоновое изображение, после чего любые манипуляции над самими объектами становятся недоступными.
На будущее: если при переводе встречаются непонятки, обратитесь к справке. Иногда разработчики описывают действия команд, которые доступны в программе.