Необходимо внести ясность по поводу области использования данных функций:
Appoint replace - замена пунктов между максимальными и минимальными значениями (какими?). Так что, скорее всего, можно перевести как "Замена пунктов". Или "Указать направление замены". Этот вопрос снят.
Supply by space - Если число переведённых строк больше, чем число оригинальных, то они будут автоматически сокращены. Если же выбрать эту опцию и заполнить эти строки пробелами, то они останутся нетронутыми. Так что, скорее всего, что-то типа "Заполнить пробелами" или "Заменить пробелами" или "Использовать пробелы". Этот вопрос снят.
А вот что касается Reference file... "справочный файл" не подходит по контексту. В принципе, по файлу Readme понятно, что это особый тип файла с локализованными ресурсами следующего формата:
Смещение:исходная строка
изменённая строка
Но вот только как лучше перевести - всё равно не понятно. "Ссылочный файл" или "Файл ссылок" - белиберда какая-то. Может, кто-то знает лучший вариант?