Teodorrrro, правильно запрещает. Копируешь все оригинальные файлы в любую другую папку, например D:\My_translate\Originals\, и настраиваешь создание локализованных файлов по месту их установки. Например, в C:\Program Files\Program\
Таким образом, у тебя в случае косяков с переводом всегда есть нетронутые оригиналы, и никаких конфликтов с размещением.
По поводу замены. В справке написано не совсем понятно, поэтому своими силами я смог только все квадратные скобки поудалять, вот такой строкой для поиска: [\[\]]. Но это был не тот эффект, который нужен. В итоге, с помощью техподдержки удалось-таки узнать эту секретную строку для замены.
Вот она: \[(.*)\]
При этом обязательно должна стоять галочка Регулярное выражение
P.S. Все же не советую удалять все эти надпись в квадратных скобках, если перевод только начинается. Это своего рода подсказки, помогающие понять к какой области программы относится строка для перевода.
Простой (абстрактный) пример: в меню программы строку "Check for updates", которая вызывала бы отдельное окно, я бы перевел как "Проверка наличия обновлений". А если бы в открывшемся диалоге была такая же строка, то я уже перевел бы ее как "Проверить наличие обновлений".
И в этом мне помогли бы подсказки. Допустим, первый оригинал был бы таким: "[Menu]Check for updates", а второй - таким: "[Dialog]Check for updates". При отсутствии таких подсказок мне оставалось бы только догадываться какая из строк где используется, и вручную все проверять. Надеюсь, не слишком намудрил и объяснил полезность